日期：2026-05-21 13:44:58
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Science：肠道菌群从竞争转向互助，是多种疾病的共性标志Science——[45.8]
① 背景与设计：为克服多样性指标在区分肠道菌群健康与失调状态时的局限性，本研究利用显式代谢数学模型模拟菌群动力学，并开发了用于量化评估的生态网络平衡指数（ENBI）。② 核心发现与意义：微生物交互网络失衡是区分健康与多病种失调的普适性标志，ENBI可作为无创工具用于疾病诊断与监测。③ 模型构建思路：基于消费者-资源框架显式整合代谢途径及能量-酶促成本权衡，使菌群交互从资源竞争与交叉喂养中自然涌现，成功再现了现实菌群的宏观生态规律。④ 健康态vs失调态：该模型自发涌现两种稳态，其中健康态由负相互作用（竞争）主导，特征为物种周转快、多样性高、功能冗余度高，而失调态由正相互作用（交叉喂养）主导，特征为少数菌株占绝对主导、多样性降低、形成紧密代谢联盟。⑤ 开发并验证新指标：ENBI通过量化群落内正负相互作用的相对贡献，在模拟数据中可靠地区分健康与失调状态；在炎症性肠病、艰难梭菌感染、肠易激综合征和结直肠癌队列中，患病组ENBI均显著高于健康对照，证实其普适性。⑥ 与疾病进展正相关：结直肠癌数据显示ENBI随病程进展而递增，提示其可作为监测疾病演进的潜在预警指标。
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Imbalance in gut microbial interactions as a marker of health and disease
2026-02-26 , doi: 10.1126/science.ady1729
Nature：直肠黏膜疫苗诱导灭菌免疫，彻底清除艰难梭菌Nature——[48.5]
① 背景与设计：针对注射型艰难梭菌疫苗无法清除肠道定植的难题，本研究在小鼠模型中比较了黏膜（直肠）与全身（腹腔）接种多价疫苗（含灭活毒素及新型表面抗原）的免疫效果。② 核心发现与意义：黏膜疫苗接种可诱导灭菌免疫，彻底清除艰难梭菌并预防复发，凸显了免疫途径对实现肠道病原体清除的决定性作用。③ 给药途径差异：仅直肠接种能显著清除粪便及组织中的艰难梭菌营养体和芽孢，而腹腔接种虽能诱导系统性抗体并减轻症状，但无法降低肠道定植。④ 体液免疫机制：粪便IgG被动转移实验表明，直肠接种通过诱导肠道局部产生针对艰难梭菌营养细胞抗原FlgGEK（鞭毛成分）和C40肽酶2（细胞壁修饰酶）的IgG，限制细菌运动、抑制定植。⑤ 细胞免疫机制：直肠接种在结肠诱导了针对芽孢抗原CspC的CD4+和CD8+组织驻留记忆T细胞反应，伴随IL-1β和IL-6等TH17相关细胞因子分泌。⑥ 长效保护：该黏膜免疫策略建立了长达200天的持久保护，并在万古霉素诱导的复发模型中有效防止再感染。
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Mucosal vaccination clears Clostridioides difficile colonization
2026-02-18 , doi: 10.1038/s41586-026-10138-x
Nature：探秘珊瑚微生物组，揭开沉睡的生物合成宝藏资源Nature——[48.5]
① 背景与核心设计：为系统评估基石物种造礁珊瑚的微生物组生物合成潜力，整合太平洋820份珊瑚样本宏基因组数据，构建包含13446个宏基因组组装基因组的礁栖微生物组数据库（RMD）。② 核心发现与意义：珊瑚微生物组蕴藏大量全新生物合成基因簇（BGC），其富含BGC的酸杆菌门成员揭示的新酶学机制，凸显了保护珊瑚礁作为分子多样性储备库的战略价值。③ 物种新颖与特异性：RMD中约90%的微生物物种缺乏已知基因组信息，群落组成不仅有别于周围海水，在不同珊瑚宿主间也表现出显著的定植特异性。④ 生物合成潜力对比：造礁珊瑚（尤其火珊瑚Millepora）的单位微生物物种编码了数量丰富的生物合成基因簇家族，媲美或超越海绵及开放海洋微生物组。⑤ 酸杆菌功能挖掘：基因组筛查锁定20个富含BGC的候选菌种，酸杆菌门成员尤为突出；异源表达证实其tha簇编码的新型GMC氧化还原酶可催化RiPP前体形成噻唑环。⑥ 生物催化与应用：该噻唑修饰产物显著抑制人中性粒细胞弹性蛋白酶；tha簇的土壤菌同源酶TheO能独立催化前体肽产生噻唑修饰，具有体外底物催化应用前景。
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Coral microbiomes as reservoirs of unknown genomic and biosynthetic diversity
2026-02-25 , doi: 10.1038/s41586-026-10159-6
西湖大学蔡尚/尧冰清等Cell：胞内促癌，胞外抑癌！细菌位置决定肿瘤免疫微环境Cell——[42.5]
① 背景与设计：为阐明瘤内细菌如何影响癌症进展，利用PyMT小鼠乳腺癌模型、类器官共培养模型及单细胞测序，解析瘤内细菌空间定位对免疫微环境的特异性作用。② 核心发现：细菌与肿瘤细胞的互作模式决定免疫结局，在胞内时促进转移复发，而在胞外则诱导抗肿瘤免疫，二者通过调控中性粒细胞向不同状态极化决定微环境走向。③ 免疫依赖性复发：体内实验证实，胞内细菌促进术后肺转移复发，而在免疫缺陷小鼠中该效应消失，表明细菌通过操纵宿主免疫系统促癌。④ 中性粒细胞命运：单细胞测序显示，胞内细菌诱导中性粒细胞向免疫抑制表型转化以抑制CD8+ T细胞；反之，胞外细菌诱导抗原呈递型抗肿瘤中性粒细胞。⑤ STING-IL-17B机制：机制研究发现，胞内细菌导致肿瘤细胞胞质dsDNA累积，激活cGAS-STING通路并上调Il17b表达，这是重塑中性粒细胞表型的关键信号。⑥ 临床转化意义：用抗生素清除胞内细菌或给予LPS模拟胞外信号，均降低小鼠术后肺转移复发率；人类乳腺癌中细菌侵袭特征与中性粒细胞浸润、STING/IL-17通路及不良预后显著相关。
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Divergent tumor immunity determined by bacteria-cancer cell engagement
2026-02-04 , doi: 10.1016/j.cell.2025.12.044
Cell：婴儿双歧杆菌全球图谱，重塑物种分类与益生菌设计Cell——[42.5]
① 背景与设计：针对长双歧杆菌婴儿亚种（婴儿双歧杆菌，BI）商业菌株缺乏全球代表性的问题，本研究整合来自48个国家的4098个基因组，构建全球图谱。② 核心发现与意义：该资源将中低收入国家的BI代表性提升12-17倍，并确立BI与长双歧杆菌（BL）为独立物种，揭示其地理分布与代谢功能的高度分化，为开发基于地区特异性菌株的下一代精准益生菌提供蓝图。③ 分类重构：系统发育与全基因组平均核苷酸同一性（ANI）分析支持将BI从亚种提升为独立物种，并将BL划分为3个亚种（含1个新亚种）。④ 分布特征：BI在中低收入国家婴儿中占主导，但在高收入国家婴儿中罕见，而BL在后者及全球成人中占主导。⑤ 功能与地理分化：BL主要富集植物聚糖代谢通路；而BI不仅富集母乳底物利用基因（尿素、B族维生素、母乳低聚糖），还形成各大洲特异性谱系，具有适应当地植物聚糖传统饮食的代谢基因。⑥ 益生菌资源与工具：商业BI菌株缺乏野生菌株的多样性与关键代谢功能；筛选出36个来自中低收入国家地区的候选菌株，并设计了高特异性PCR引物。
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Genomic atlas of Bifidobacterium infantis and B. longum informs infant probiotic design
2026-02-18 , doi: 10.1016/j.cell.2026.01.007
Cell：最大规模全球宏基因组分析，"通用菌"跨界传播耐药基因Cell——[42.5]
① 背景与设计：整合全球85,604个宏基因组与200万个基因组样本，利用无监督聚类及参数建模构建行星尺度微生物栖息地框架。② 全球微生物图谱：确立了40个特定的微生物栖息地簇，揭示通用种（Generalists）是跨越生态边界介导基因流动的关键载体。③ 结构驱动力：全球微生物组结构首要受宿主关联性或环境条件决定；海洋微生物组受温度梯度的显著影响而非地理距离。④ 通用种特征：通用性评分模型显示，高GC含量、需氧代谢及资源机会主义特征显著关联于物种的跨栖息地适应能力。⑤ 基因流动机制：跨越生态迥异栖息地（如宿主-环境）的水平基因转移（HGT）事件中，通用种的参与度显著高于专性种。⑥ 人为环境枢纽：废水处理厂等人为栖息地富含通用种，其分类学接近宿主微生物而功能类似环境微生物，是连接两者的关键节点。⑦ 耐药性传播：多重耐药岛在肠道专性种与通用种Aeromonas caviae间发生近期转移，并随废水排放扩散至自然水体。
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Planetary microbiome structure and generalist-driven gene flow across disparate habitats
2026-02-09 , doi: 10.1016/j.cell.2025.12.051
Cell：解析240万份样本！MicrobeAtlas揭示地球微生物全景图Cell——[42.5]
① 资源与设计：构建行星级微生物组数据库资源MicrobeAtlas，统一处理了全球239万份测序样本，基于核糖体RNA参考序列生成可调分辨率的操作分类单元（OTU）谱，并关联地理与环境元数据。② 核心发现：揭示了全球微生物群落的宏观生态模式，包括大量未表征类群的分布、生物地理趋势及类群特异性的栖息地普适性分化。③ 宏观群落分化：无监督聚类将样本按核心环境严格分层，土壤与水体的OTU丰富度最高但分类注释率最低，小鼠肠道菌群结构与人类的有显著差异。④ 暗物质微生物：近九成OTU缺乏培养株或基因组信息，其主要富集于环境样本，且高阶类群内部存在精细的环境/地理生态位分化。⑤ 生物地理模式：样本地理覆盖呈现采样偏倚，但统计分析证实大量OTU存在显著纬度偏好，以热带/亚热带偏好为主，海洋OTU丰富度在赤道区域达到峰值。⑥ 栖息地普适性：基于熵值的普适性评分显示，微生物倾向于生境专一化，但也有跨生境的普适种，其主要富集于土壤和植物环境，伴随扩增的基因容量和更高的培养株比例。
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The MicrobeAtlas database: Global trends and insights into Earth’s microbial ecosystems
2026-02-25 , doi: 10.1016/j.cell.2026.01.021
Cell重磅综述：肠道干细胞新论，改写教科书的范式转移Cell——[42.5]
① 综述核心主旨：以小肠上皮为模型，系统阐述细胞层级与分子调控，揭示肠道干细胞的活跃分裂与可塑性，颠覆传统组织干细胞生物学范式。② Lgr5+干细胞特性：隐窝基部Lgr5+细胞持续活跃分裂，经随机中性竞争维持稳态，该机制否定了干细胞须静息及不对称分裂的传统观点。③ 细胞命运可塑性：上皮细胞具备高度可塑性，Lgr5+干细胞受损缺失时，分泌系祖细胞、潘氏细胞及簇细胞等已分化细胞可去分化恢复多能性，完成组织再生。④ 发育信号调控：Wnt信号维持基部干细胞池，BMP信号在绒毛区形成反向梯度促进分化，Notch信号通过侧向抑制调控二元命运（激活促吸收系分化，抑制促分泌系分化）。⑤ 类胎儿再生机制：重度损伤触发“胎儿样再生状态”，该过程由YAP信号驱动，表达Sca1/Clu特异性标志物，是独立于经典Wnt/Lgr5+通路的紧急修复程序。⑥ 类器官技术确立：基于Wnt/R-spondin/EGF等干细胞微环境因子解析，单个Lgr5+干细胞可在体外自组织并长期扩增为全谱系类器官，革新了体外模型技术。⑦ 肿瘤机制本质：结直肠癌驱动突变精确对应生理性干细胞的生长因子依赖性（如APC突变对应Wnt激活），肿瘤发生的本质即是对正常干细胞更新及其微环境机制的恶性劫持。
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Shifting paradigms in tissue stem cell biology: Insights from the intestine
2026-02-05 , doi: 10.1016/j.cell.2025.12.025
JAMA：每日2-3杯咖啡/1-2杯茶，或是预防痴呆最佳摄入量JAMA——[55]
① 前瞻性队列设计：针对咖啡因摄入与认知健康的关联争议，基于NHS与HPFS队列追踪131,821名美国成年人长达43年的饮食频率数据及痴呆结局。② 核心发现：含咖啡因咖啡与茶的长期摄入与痴呆风险降低及认知功能改善呈显著非线性关联，而脱咖啡因咖啡未显示保护效应，提示咖啡因为关键神经保护成分。③ 痴呆风险关联：多变量调整Cox模型显示，与最低摄入组相比，最高四分位含咖啡因咖啡（HR 0.82）及茶（HR 0.86）摄入组的痴呆发生风险显著降低。④ 认知功能评估：含咖啡因饮品摄入伴随主观认知下降患病率降低（PR 0.85-0.86），且在客观测试中（NHS队列）表现为TICS评分及整体认知分数的轻微改善。⑤ 剂量反应与稳健性：限制性立方样条模型揭示每日摄入约2-3杯咖啡或1-2杯茶时保护效应达到峰值，且该关联独立于APOE4基因型及多基因风险评分。
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Coffee and Tea Intake, Dementia Risk, and Cognitive Function
2026-02-09 , doi: 10.1001/jama.2025.27259
Nature Reviews：肠道健康的科学定义（ISAPP共识声明）Nature Reviews Gastroenterology and Hepatology——[51]
① 核心定义提出：国际益生菌与益生元科学协会（ISAPP）专家共识将肠道健康定义为“无活动性胃肠疾病且无影响生活质量的肠道症状的正常胃肠功能状态”，整合功能、主观体验与外部因素。② 定义背景与挑战：此前“肠道健康”概念模糊，缺乏统一标准，专家通过系统评估胃肠功能、症状、微生物组等，解决术语滥用及测量指标碎片化问题，明确其与消化健康、胃肠健康等术语等同。③ 功能领域划分：涵盖消化生理、肠道菌群、屏障功能、免疫、内分泌及肠脑轴六大核心功能域，各领域相互关联，需综合评估分泌、蠕动、菌群代谢物等指标（如粪便短链脂肪酸、肠道通透性测试）。④ 症状与生活质量：症状频次、严重程度及对生活质量的影响是关键评估维度，短暂生理性症状（如压力致腹泻）不等同于肠道健康受损，需区分慢性症状与疾病活动期。⑤ 饮食驱动作用：饮食是肠道健康主要影响因素，膳食纤维促进菌群稳态与肠道屏障，高脂饮食可能加剧症状；地中海饮食等模式关联有益菌群结构，但个体响应差异显著。⑥ 研究与临床应用：当前缺乏标准化评估工具，需结合客观指标（如粪便钙卫蛋白）与主观量表（如腹痛频率），共识推动临床采用标准化结局指标（如自发完整排便次数）并整合多学科干预。⑦ 未来方向与局限：需进一步验证微生物组健康指数、建立长期正常值范围，并探索遗传、环境等风险因素对肠道健康的预测作用，同时警惕“漏肠症”等概念的过度解读。
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The International Scientific Association for Probiotics and Prebiotics (ISAPP) consensus statement on the definition and scope of gut health
2026-02-18 , doi: 10.1038/s41575-026-01176-x
仁济医院房静远团队Cancer Cell：肠癌中的"跨界共谋"，真菌菌丝转运致癌细菌直击肠黏膜Cancer Cell——[44.5]
① 背景与设计：针对其他微生物如何影响具核梭杆菌致癌效应的问题，结合临床队列、小鼠模型及体外实验，探究结直肠癌中的微生物互作致病机制。② 核心发现与意义：白色念珠菌通过Flo9-RadD介导的真菌-细菌互作，协助具核梭杆菌穿透黏液屏障并定植肠黏膜，揭示了微生物协同驱动肿瘤进展的新范式。③ 临床关联与验证：患者粪便中白色念珠菌与具核梭杆菌的高丰度共存显著关联缩短的无复发生存期，双菌联合接种较单菌显著加速小鼠结肠肿瘤恶化。④ 关键促癌菌株：高表达FLO9的强菌丝态白色念珠菌临床分离株，显著增强具核梭杆菌的定植及其致癌作用，促进NF-κB通路激活及免疫抑制微环境形成。⑤ 关键分子机制：显微成像与蛋白互作实验证实，白色念珠菌利用表面蛋白Flo9直接结合细菌黏附素RadD，通过菌丝物理锚定实现具核梭杆菌的空间转运与黏膜入侵。⑥ 干预验证：L-精氨酸竞争性破坏Flo9-RadD蛋白互作，在小鼠模型中显著阻断双菌协同促瘤效应并降低肿瘤负荷。
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Candida albicans synergizes with Fusobacteriumnucleatum in colorectal cancer progression via the Flo9-RadD interaction
2026-02-26 , doi: 10.1016/j.ccell.2026.02.001
华南师大王璋/魏明远等Cell Metab：生酮饮食如何"打通"肠-肺轴，缓解脓毒症肺损伤？Cell Metabolism——[30.9]
① 背景与设计：针对脓毒症引起的肺损伤缺乏有效疗法这一难题，结合小鼠模型、多组学分析及临床队列，探究生酮饮食（KD）的干预效果和机制。② 核心发现与意义：KD通过调节肠道菌群代谢重塑肺免疫微环境，特别是通过油酸转化产物壬二酸（AZA）增强胞葬作用，揭示了饮食-菌群互作的治疗潜力及肠-肺轴机制。③ 菌群介导：无菌小鼠及粪菌移植实验证实，KD对脓毒症小鼠肺损伤的缓解作用依赖于肠道菌群，而非酮体生成；KD显著富集了罗伊氏粘液乳杆菌和植物乳植杆菌。④ 代谢转化：细菌遗传学及同位素示踪显示，上述菌利用特有的黄素依赖性单加氧酶（FMO）将饮食中的油酸转化为AZA，敲除细菌FMO基因则保护作用丧失。⑤ 免疫机制：单细胞测序及生化实验表明，肠源性AZA易位至肺部，促进中性粒细胞凋亡，并直接激活PPAR-γ诱导肺泡巨噬细胞高表达Mertk，增强对凋亡中性粒细胞的胞葬清除。⑥ 临床关联：在两个独立脓毒症患者队列中，支气管肺泡灌洗液中的AZA水平与生存率、无机械通气天数、肺功能、肺内MerTK+肺泡巨噬细胞和凋亡中性粒细胞数量正相关。
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Ketogenic diet alleviates septic lung injury via microbial gut-lung axis
2026-02-04 , doi: 10.1016/j.cmet.2026.01.005
西交一附院李铤/丁宁等Cell Metab：心病肠治！肠菌代谢物IVA阻断焦亡防治房颤Cell Metabolism——[30.9]
① 背景与设计：为阐明肠道菌群影响房颤的机制，整合临床队列、小鼠模型及体外实验，聚焦共生菌活泼瘤胃球菌（R. gnavus）及其代谢物异戊酸（IVA）。② 核心发现与意义：R. gnavus通过其vorC酶催化亮氨酸生成IVA，经GPR109A受体阻断心肌细胞STAT3-GSDME焦亡前馈回路，以减轻心房重构和房颤，揭示了菌群-代谢物-心脏轴新机制和治疗靶点。③ 表型确立：房颤患者肠道R. gnavus丰度与血清IVA水平显著降低；定植R. gnavus或补充IVA抑制小鼠心房纤维化及房颤易感性。④ 酶学机制：R. gnavus依赖特异性酶vorC将膳食亮氨酸转化为IVA；vorC敲除菌株及表达vorC的工程菌实验，证实vorC介导IVA生成及对房颤的保护效应。⑤ IVA抑制焦亡：转录组学分析及小鼠基因敲除/敲低模型证实，IVA通过抑制GSDME介导的细胞焦亡，阻断心房病理重构。⑥ 分子通路：IL-6/STAT3信号促进GSDME转录，且GSDME-N入核强化炎症形成恶性正反馈；IVA结合并激活心肌细胞膜受体GPR109A，通过cAMP/PKA/CREB轴抑制IL-6诱导的STAT3磷酸化，阻断此STAT3-GSDME前馈回路。⑦ 临床验证：房颤患者心房IVA水平低、IL-6通路富集，伴随pSTAT3-GSDME核共定位增强，印证了该机制的临床相关性。
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Gut microbiota-derived isovaleric acid alleviates atrial fibrillation by suppressing GSDME-dependent pyroptosis
2026-02-03 , doi: 10.1016/j.cmet.2025.12.017
港中大黄子隽团队Cell Metab：胞质vs线粒体，BCAA代谢区室化如何掌控肠癌转移？Cell Metabolism——[30.9]
① 背景与设计：针对代谢区室化在结直肠癌转移中的作用，采用非靶向代谢组学、15N/13C同位素示踪等方法，结合患者队列及多种小鼠转移模型，解析支链氨基酸（BCAA）转氨酶（BCAT）亚细胞定位的功能差异。② 核心发现：胞质与线粒体的BCAA代谢区室化对肿瘤扩散具有截然相反的调控作用，揭示了BCAT1/BCAT2比值作为跨癌种预后标志物的临床潜力。③ 表型与临床关联：TCGA及独立队列数据显示，胞质BCAT1高表达驱动上皮间质转化（EMT）及远处转移，而线粒体BCAT2起抑制作用，二者比值显著预测不良预后。④ 代谢分流机制：同位素示踪证实，胞质BCAT1促进氮源流向谷氨酸和天冬氨酸以合成尿苷一磷酸（UMP），而线粒体BCAT2偶联谷氨酸脱氢酶（GDH）产生NH3，耗竭UMP合成前体。⑤ 非经典信号轴：UMP直接结合波形蛋白的K139位点，阻断其泛素化-蛋白酶体途径降解，从而稳定该间质标志物并驱动细胞迁移。⑥ 干预策略：在原位及转移瘤小鼠模型中，饮食BCAA限制或使用UMP合成抑制剂来氟米特均显著抑制肿瘤的腹膜及肝脏扩散。
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Compartmentalized branched-chain amino acid metabolism orchestrates colorectal cancer dissemination via an UMP-vimentin axis
2026-02-06 , doi: 10.1016/j.cmet.2026.01.007
西农袁业现团队Cell Metab：肠菌代谢物3-PPA指挥免疫细胞，促进燃脂抗寒Cell Metabolism——[30.9]
① 背景与设计：为阐明肠道菌群在寒冷适应中的作用，结合多组学技术及跨物种模型，系统解析了寒冷适应下肠道菌群代谢物调控米色脂肪生成的分子机制。② 核心发现：寒冷诱导结肠Prevotella copri扩增并分泌3-苯丙酸（3-PPA），通过激活免疫-脂肪祖细胞轴，驱动米色脂肪形成并改善肥胖。③ 关键菌与代谢物：寒冷暴露重塑肠道菌群，富集P. copri并提升其代谢物3-PPA的血清水平，补充3-PPA或定植P. copri均能促进腹股沟白色脂肪组（iWAT）米色化，增强能量消耗。④ 巨噬细胞激活：基因敲除实验证实，3-PPA通过特异性结合M2样巨噬细胞表面的FFAR1受体，触发Ca2+内流，发挥促米色化效应。⑤ 免疫趋化级联：FFAR1激活驱动M2巨噬细胞通过线粒体呼吸-NF-κB轴分泌CXCL13，后者招募CXCR5+滤泡辅助T细胞（Tfh）至iWAT。⑥ 祖细胞分化：Tfh细胞分泌IL-4激活SMA+脂肪祖细胞中的STAT6信号，驱动其向米色脂肪分化。⑦ 干预效果：补充3-PPA以FFAR1依赖性方式改善高脂饮食诱导的小鼠肥胖、糖代谢及iWAT米色化，并在寒冷暴露下促进产热，人类细胞与猪模型证实该作用跨物种保守。
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Microbial-derived 3-phenylpropionic acid orchestrates immune-progenitor cell crosstalk to promote beige adipogenesis and energy expenditure
2026-02-24 , doi: 10.1016/j.cmet.2026.01.017
浙大王迪/陈晟等Cell Metab：16小时科学禁食，增效癌症免疫治疗Cell Metabolism——[30.9]
① 背景与设计：为探究短期禁食对免疫治疗的增效机制，整合小鼠模型、代谢组学、单细胞测序及结直肠癌患者队列，评估16小时禁食方案的疗效与肿瘤微环境改变。② 核心发现：短期禁食诱导肿瘤细胞的代谢权衡，促使肿瘤微环境异亮氨酸富集，从而驱动CD8+ T细胞的表观遗传与脂质重塑，优化免疫疗法疗效。③ 代谢权衡：禁食压力下肿瘤细胞通过SLC3A2/SLC7A5介导的转运机制，释放异亮氨酸以获取谷氨酰胺，导致异亮氨酸在肿瘤间质液而非血清中特异性富集，为CD8+ T细胞创造了局部代谢窗口。④ 效应T细胞重塑：特异性富集的异亮氨酸经由BCAT2/BCKDH途径代谢，为CD8+ T细胞提供乙酰辅酶A，促进组蛋白乙酰化及效应基因染色质可及性，并支持膜磷脂合成，维持CD8+ T细胞效应功能。⑤ 临床前景：异亮氨酸补充或禁食干预均显著增强小鼠模型中抗PD-1单抗疗效；新辅助免疫治疗结直肠癌患者中，短期禁食促进了终末分化效应记忆T细胞的克隆扩增与效应功能，与治疗反应改善相关。
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16-h fasting optimizes cancer immunotherapy in mice and humans
2026-02-19 , doi: 10.1016/j.cmet.2026.01.015
Nat Genet：近3万人数据揭示，宿主基因通过肠道生理环境塑造菌群Nature Genetics——[29]
① 研究背景与设计：为解析宿主遗传对肠道菌群的影响，对16,017名瑞典成人的宏基因组数据进行全基因组关联分析，并在12,652人的挪威队列中验证。② 核心发现：鉴定出多个与菌群组成显著相关的遗传位点，揭示了肠道脂肪酸感应、胆汁酸代谢及粘膜聚糖构成等宿主胃肠道生理功能是塑造菌群的关键遗传决定因素。③ 脂肪酸感应位点：编码脂肪酸化学感应受体的OR51E1–OR51E2基因座与菌群丰富度显著相关，提示肠内分泌细胞感应功能影响菌群多样性。④ 基因-物种关联：荟萃分析确定了8个位点与14个菌种的15项显著关联，其中11项在独立队列中复现；除确认LCT、ABO、FUT2关联外，还鉴定出5个新位点（MUC12、CORO7–HMOX2、SLC5A11、FOXP1和FUT3–FUT6）。⑤ 代谢共定位分析：CORO7-HMOX2及FOXP1位点不仅关联Turicibacter sanguinis等菌种，还与胆汁酸及LDL胆固醇水平表现出遗传共定位。⑥ 粘膜聚糖调控：ABO、FUT2及FUT3-FUT6位点的多重关联证实宿主分泌的岩藻糖基化聚糖是调控特定共生菌定植的关键碳源。
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Genome-wide association analyses highlight the role of the intestinal molecular environment in human gut microbiota variation
2026-02-13 , doi: 10.1038/s41588-026-02512-2
Nat Genet：大规模队列研究再添4个塑造菌群的宿主基因，并揭示BMI因果效应Nature Genetics——[29]
① 研究背景与设计：为解析宿主遗传对肠道菌群的影响，对12,652名HUNT队列参与者进行宏基因组测序的全基因组关联分析，并在大型北欧独立队列中完成重复验证。② 核心发现：鉴定出12个可重复的宿主SNP-菌群物种关联，以及与菌群功能相关的3个宿主遗传位点，表明宿主遗传变异通过影响菌群组成和功能与疾病风险相连。③ 基因-菌群关联：验证了LCT、ABO等已知位点，并发现HLA-DQB1、MUC12、SLC37A2和FUT2四个新位点。④ 疾病关联：HLA-DQB1变异通过上调Agathobacter丰度关联乳糜泻风险降低；MUC12变异驱动Coprobacillus cateniformis富集，且与直肠MUC12高表达共定位从而降低痔疮风险。⑤ 菌群功能关联：LCT、ABO和FUT2位点与菌群KEGG功能模块存在关联，FUT2非分泌型状态于Streptococcus gordonii丰度增加相关，并增强细菌毒力调节及抗宿主防御相关模块活性增强。⑥ BMI因果效应：孟德尔随机化分析显示，遗传预测的较高BMI显著降低肠道菌群α多样性，并对特定物种丰度产生广泛的因果调节效应。
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The HUNT study identifies host genetic factors reproducibly associated with human gut microbiota composition
2026-02-13 , doi: 10.1038/s41588-026-02502-4
中山大学徐春亮/朱一铭等Immunity：禁食通过β-羟基丁酸耗竭骨髓浆细胞，可削弱疫苗保护力Immunity——[26.3]
① 背景与设计：为探究饮食干预对体液免疫记忆的影响，结合小鼠模型与人体观察，揭示禁食对骨髓长寿命浆细胞（LLPCs）的影响及其机制。② 核心发现与意义：禁食及生酮饮食通过β-羟基丁酸（BHB）-HCAR2信号轴下调浆细胞CXCR4，致LLPCs迁出骨髓并凋亡，从而削弱疫苗与感染诱导的抗体持久性，揭示了饮食代谢调控免疫记忆的新机制。③ 禁食耗竭LLPCs：多种禁食方案及生酮饮食均显著减少小鼠骨髓中总浆细胞及抗原特异性LLPCs数量，并加速血清抗体衰减，损害疫苗保护效果，但不影响记忆B细胞。④ BHB的关键作用：禁食升高血液及骨髓BHB；补充BHB足以耗竭LLPCs，而BHB合成酶基因Bdh1敲除则完全阻断禁食效应。⑤ HCAR2介导信号：全身性或浆细胞条件性敲除以及激动剂烟酸处理证实，BHB通过其受体HCAR2发挥作用。⑥ 下游迁移机制：BHB-HCAR2轴激活Gαi-腺苷酸环化酶通路，降低胞内cAMP，致浆细胞表面的骨髓保留关键受体CXCR4表达下调，促使其被动员至外周血并发生凋亡。⑦ 人体验证：在健康志愿者中，限时进食与5:2禁食均显著加速多种疫苗及感染诱导抗体的衰减，并增加外周血中浆细胞数量。
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Fasting impairs humoral immunological memory by β-hydroxybutyrate-mediated depletion of plasma cells
2026-02-23 , doi: 10.1016/j.immuni.2026.01.002
董晨团队Immunity：肠道γδT细胞存在发育等级，微生物信号驱动效应细胞分化抵抗感染Immunity——[26.3]
① 背景与设计：为阐明肠道γδ T细胞上皮内淋巴细胞（γδIELs）的功能异质性，本研究结合小鼠模型、单细胞测序及感染实验，系统解析其亚群分化机制。② 核心发现：γδIELs包含功能迥异的干细胞样与效应样亚群，其分化受微生物信号与细胞因子精密调控，对肠道抗感染免疫至关重要。③ 亚群演变轨迹：谱系示踪与过继转移实验证实，CD160+TCF1+BCL6+干细胞样γδIELs具有自我更新能力，在微生物刺激下可分化为具备高杀伤能力的GZMB+BLIMP1+效应亚群。④ 分子调控网络：TCF1与BCL6负责维持干细胞表型并拮抗效应分化，而IL-12与TCR信号协同激活STAT4-BLIMP1轴抑制TCF1表达，驱动向效应细胞分化。⑤ 环境信号驱动分化：稳态下共生菌群维持效应样亚群规模，而鼠伤寒沙门氏菌感染通过诱导上皮IL-12分泌加速其分化，表明微生物信号是分化的关键环境因素。⑥ 宿主防御价值：缺失BLIMP1或IL-12信号，导致效应样亚群分化受阻，显著增加小鼠对沙门氏菌感染的易感性并加重感染症状。
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Effector differentiation by stem-like intraepithelial γδ T cells is required for host defense against infection
2026-02-25 , doi: 10.1016/j.immuni.2026.01.006
珠江医院徐开宇/张雯等Gut：肠道犬尿喹啉酸经迷走神经促进卒中恢复Gut——[25.8]
① 研究背景与设计：为探究外周信号调控卒中后恢复的机制和潜在干预方法，结合非靶向与靶向代谢组学分析临床队列（n=260），并在小鼠脑缺血模型中评估。② 核心发现与意义：肠道代谢物犬尿喹啉酸（KYNA）是卒中预后的独立保护因子，其口服补充通过激活肠道GPR35-迷走神经-脑轴驱动神经保护，为卒中治疗提供了新的标志物和干预策略。③ 临床预后价值：在训练及验证队列中，急性缺血性卒中患者的粪便KYNA水平均显著降低，且低水平KYNA独立预测了患者3个月后不良的神经功能恢复结局。④ 给药途径特异性：在小鼠MCAO模型中，仅口服补充KYNA能显著改善脑梗死及神经功能缺损，而腹腔注射无效，脑室注射甚至加重损伤。⑤ 肠-脑神经回路：KYNA直接结合肠道神经元表面的GPR35受体，激活迷走神经传入信号至孤束核，并进一步传导至海马及下丘脑区域。⑥ 中枢保护机制：迷走神经信号的传入驱动了脑内小胶质细胞向抗炎M2表型极化，并上调神经元α7nAChR表达从而减轻脑损伤，GPR35激动剂Zaprinast可重现此效。
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Kynurenic acid mitigates poststroke brain damage through the gut-brain neural circuit
2026-02-03 , doi: 10.1136/gutjnl-2025-337690
赵方庆/肖冰冰等Gut综述：肠道菌群如何影响妇科肿瘤的发生与治疗？Gut——[25.8]
① 核心概述：本文综述了肠道微生物群（GM）通过“肠-生殖道轴”调控妇科癌症（卵巢癌、子宫内膜癌和宫颈癌）发生与治疗的核心机制，指出GM失调通过免疫、代谢与炎症影响肿瘤进程及疗效。② 菌群特征：患者GM呈现多样性降低、短链脂肪酸（SCFAs）产生菌减少、促炎/条件致病菌富集，并与雌激素代谢、胆汁酸及色氨酸（Trp）代谢途径改变相关。③ 作用机制：GM失调通过微生物易位、破坏肠屏障引发全身炎症、调控雌激素代谢，并产生SCFAs、次级胆汁酸及Trp代谢物等信号分子，经由表观遗传与受体信号重塑肿瘤微环境及免疫应答。④ 治疗影响：GM状态影响化疗及免疫治疗疗效；抗生素使用与预后不良相关，其机制涉及药物代谢调节、免疫细胞功能及治疗毒性调控。⑤ 干预策略：饮食调节、益生菌与粪菌移植等GM靶向干预在其它肿瘤中显示潜力，但在妇科肿瘤领域仍缺乏临床验证，需解决安全性、标准化及个体差异等问题。⑥ 研究展望：现有证据多属横断面研究且异质性高；未来需开展纵向多组学分析与前瞻性试验，明确GM特征与临床结局的因果关系，并探索其在毒性管理及耐药逆转中的精准应用。
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Modulating the gut-reproductive tract axis: microbial influence on gynaecological cancer pathogenesis and treatment
2026-02-10 , doi: 10.1136/gutjnl-2025-337778
浙大一院滕理送团队Gut：鲍曼不动杆菌"劫持"肿瘤代谢，驱动胃癌转移Gut——[25.8]
① 背景与设计：针对胃癌转移中非幽门螺杆菌细菌的作用空白，整合患者组织微生物组-代谢组学分析，并利用基因敲除菌株及小鼠转移模型进行功能验证。② 核心发现与意义：鲍曼不动杆菌通过合成烟酸，重塑肿瘤细胞NAD代谢、激活HIF-1α通路并增强糖酵解，从而驱动胃癌转移，确立了新的菌群-代谢轴机制。③ 临床与功能关联：鲍曼不动杆菌在胃癌组织中定植，其丰度与癌症进展和瘤内烟酸水平正相关；其条件培养基或共培养能显著增强胃癌细胞迁移及裸鼠肝/腹膜转移。④ 关键代谢物机制：该菌通过其烟酰胺酶PncA合成烟酸，敲除pncA则消除促转移效应，烟酸及其下游产物1-甲基烟酰胺均能驱动转移。⑤ 代谢重编程与通路：烟酸处理导致胃癌细胞NAD+/NADH比值下降，重编程肿瘤细胞葡萄糖代谢，降低氧化磷酸化、增强糖酵解；此转换激活了HIF-1α通路及其下游糖酵解基因与上皮-间质转化。⑥ 免疫正常模型验证：在免疫正常小鼠中，鲍曼不动杆菌同样增加腹膜转移负荷，单细胞测序显示其扩增了糖酵解和HIF-1信号富集的癌症干细胞亚群。
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Acinetobacter baumannii promotes gastric cancer metastasis via NA-mediated NAD metabolism reprogramming and glycolytic activation
2026-02-09 , doi: 10.1136/gutjnl-2025-336161
港中大于君/刘伟鑫等Gut：肠菌基因组结构变异，可作为儿童孤独症新型诊断标志物Gut——[25.8]
① 背景与设计：基于孤独症谱系障碍（ASD）儿童（261例）与对照儿童（191例）多队列粪便宏基因组数据，鉴定与儿童ASD相关的肠道细菌基因组结构变异（SV）特征。② 核心发现与意义：细菌SV与ASD显著相关，其功能涉及细菌代谢与生长调控，纳入SV的诊断模型性能优于传统菌种丰度模型。③ ASD相关SVs：鉴定出100个与ASD相关的SV，广泛富集于离子/氨基酸代谢及细菌生长调控相关基因。④ 有益菌功能变异：单形拟杆菌中一个与硫胺素和铁代谢相关的可变SV在ASD中耗竭，人源化菌群小鼠数据显示该SV的耗竭与重复性行为增加及社交行为减少显著相关。⑤ 致病共生菌扩增：扭链瘤胃球菌中编码生长抑制因子（MazF-MazE系统）的可变SV缺失，伴随该菌在ASD肠道中异常增殖。⑥ 地理保守与差异：跨人群分析表明ASD相关SV兼具保守性与东西方群体特异性。⑦ 临床诊断面板：整合9个SV与3个菌种构建的模型AUROC达81.1%，显著优于单一可变SV（79.1%）或菌种丰度（72.3%）模型。
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Bacterial genomic structural variations in children with autism serve as diagnostic biomarkers
2026-02-26 , doi: 10.1136/gutjnl-2025-337280
张忠涛/姚宏伟等Gut：共识指南发布，局部晚期直肠癌免疫治疗新纪元Gut——[25.8]
① 论文概述：基于系统性文献回顾和多学科专家德尔菲法制定局部晚期直肠癌（LARC）应用免疫检查点抑制剂（ICIs）的共识指南，为dMMR/MSI-H和pMMR/MSS两类患者提供关于新辅助免疫治疗、器官保留及安全性管理的分级建议。② 检测与评估：指南强调所有LARC患者在治疗前应常规检测错配修复（MMR）和微卫星不稳定性（MSI）状态，其中dMMR/MSI-H患者对ICIs反应良好，此为关键生物标志物和分层依据。③ 多学科团队作用：治疗决策必须基于多学科团队的全面评估与动态调整，团队需涵盖外科、内科、放疗、影像及病理等多个科室，以确保治疗方案的安全性与个体化。④ 错配修复缺陷患者治疗：对于dMMR/MSI-H患者，推荐术前使用3个月PD-1/PD-L1抑制剂，若未达临床完全缓解可再行3个月治疗；达到临床完全缓解者可选择等待观察策略以实现器官保留，且可探索双免疫治疗方案。⑤ 错配修复正常患者治疗：对于pMMR/MSS患者，可将ICIs与长程放化疗或短程放疗联合化疗方案联用作为新辅助治疗，以提高病理完全缓解率，但其在器官保留中的应用需谨慎。⑥ 局部切除策略：对于新辅助免疫治疗后达到ycT1N0M0或部分ycT2N0M0且保肛意愿强烈的患者，经多学科团队评估后可考虑局部切除，术后根据病理结果决定后续处理。⑦ 安全性管理：围手术期免疫治疗需进行基线评估并密切监测免疫相关不良事件，特别关注心肌炎和肺炎等高危情况，其处理需多学科团队协作并按分级管理原则进行。⑧ 未来展望：当前证据仍需大规模临床试验验证长期生存获益，个体化治疗、肠道菌群调节及新靶点药物等是未来研究方向。
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Consensus guidance of immune checkpoint inhibitors in locally advanced rectal cancer
2026-02-25 , doi: 10.1136/gutjnl-2025-336979
细菌群体感应如何诱导结肠炎癌变？Gastroenterology——[25.1]
① 背景与设计：针对细菌群体感应分子（QSM）在溃疡性结肠炎（UC）癌变中的作用不明问题，利用UC患者血清、AOM-DSS小鼠及无菌小鼠模型解析了其致癌机制。② 核心发现与意义：细菌信号分子scAHLs在长病程UC患者中显著升高，并通过重塑肠道微生态及直接激活上皮细胞炎症通路的双重机制，驱动结肠癌发生。③ 临床关联：临床队列分析显示，血清中的细菌群体感应分子短链N-酰基高丝氨酸内酯（scAHLs）及AI-2水平，与UC患者病程（≥10年）及炎症活动度呈显著正相关，是潜在风险标志物。④ 菌群依赖性机制：在结肠炎癌变小鼠模型中，腹腔注射C6-scAHL显著增加了肿瘤负荷与异型增生，伴随拟杆菌门丰度增加及次级胆汁酸等促炎代谢物富集。⑤ 直接宿主作用：无菌小鼠及类器官实验证实，C6-scAHL无需菌群参与即可直接作用于上皮细胞，显著诱导CXCL5、LIF等非经典NF-κB依赖性促癌因子的分泌。
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Quorum sensing molecules are elevated in long-standing ulcerative colitis and are linked to the development of colitis-associated cancer
2026-02-11 , doi: 10.1053/j.gastro.2026.01.023
上海交大白晓慧团队Nature子刊：高镁饮用水如何加剧沙门氏菌感染？Nature Water——[24.1]
① 背景与设计：饮用水矿物质对肠道感染的健康效应尚不清楚，本研究利用鼠沙门氏菌感染小鼠模型、生物膜竞争及多组学技术，解析高浓度Mg2+对肠道致病菌定植的影响。② 核心发现与意义：饮用水Mg2+通过直接激活致病菌毒力因子与间接重塑肠道微生态的双重机制加剧感染，提示低矿物质水在感染高风险期具有保护作用。③ 感染表型：高Mg2+饮用水显著加重小鼠感染病理，伴随细菌载量及炎症提升。④ 直接致病机制：Mg2+通过转运蛋白MgtC增加沙门氏菌胞内c-di-GMP合成，进而激活VI型分泌系统（T6SS），增强病菌的生物膜形成与竞争优势，加剧肠道病理。⑤ 微生态重塑：高Mg2+暴露导致肠道菌群失调，阿克曼菌属等有益菌耗竭，拟杆菌属富集，导致促炎胆汁酸和精氨酸累积，二者进一步刺激T6SS活性。⑥ 因果验证：粪菌移植实验证实，经高Mg2+驯化的失调菌群足以传递对沙门氏菌的高易感性表型，确认菌群重塑在感染风险中的核心作用。
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Mg2+ in drinking water boosts Salmonella infection risk by rewiring gut ecology and virulence
2026-02-04 , doi: 10.1038/s44221-026-00584-2
于政权/张明鑫等高分Cell子刊：缺觉如何伤肠？迷走神经驱动肠道5-HT爆发引致损伤Cell Stem Cell——[20.4]
① 背景与设计：针对睡眠障碍诱发肠道病理的脑-肠通讯机制不明问题，利用小鼠急性睡眠剥夺模型，结合蛋白组学、病毒示踪及化学遗传学进行解析。② 核心发现：揭示了一条由迷走神经背核介导的睡眠剥夺响应通路，其通过乙酰胆碱（ACh）驱动肠道5-羟色胺（5-HT）激增，进而诱发肠道干细胞（ISC）氧化应激与功能障碍。③ 表型与机制：急性睡眠剥夺导致肠隐窝-绒毛缩短、潘氏细胞减少及Lgr5+/Olfm4+ ISC耗竭，与肠道特异性活性氧（ROS）积累及蛋白翻译应激反应有关。④ 关键介质：睡眠剥夺导致肠道及血清5-HT显著升高；给予5-HT及敲除Tph1证实，肠嗜铬细胞来源的5-HT激增是驱动ISC氧化应激的关键。⑤ 锁定受体：单细胞测序、药理学干预及肠上皮特异性敲除模型证实，过量5-HT通过作用于ISC受体HTR4引发病理损伤。⑥ 上游神经通路：迷走神经切断可阻断睡眠剥夺的肠道效应；c-Fos染色及伪狂犬病毒逆行示踪将中枢响应核团定位为迷走神经背核，其神经元在睡眠剥夺后长期处于激活状态。⑦ ACh驱动5-HT激增：迷走神经释放ACh，通过上皮毒蕈碱受体Chrm3促进肠嗜铬细胞释放5-HT并抑制转运体SERT表达，导致5-HT过度积累。
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Sleep disturbance triggers aberrant activation of vagus circuitry and induces intestinal stem cell dysfunction
2026-02-05 , doi: 10.1016/j.stem.2026.01.002
中科大潘文团队Cell子刊：肠神经元化身干细胞抑制器，限制肠炎修复Cell Stem Cell——[20.4]
① 背景与设计：为阐明神经元调控肠干细胞（ISC）驱动的上皮再生的机制，利用基因工程小鼠、类器官共培养及人源样本展开分析。② 核心发现：分泌血管活性肠肽（VIP）的神经元通过上皮受体VIPR1构成ISC内源性神经检查点，在稳态下抑制ISC增殖，在结肠炎中抑制再生并加剧损伤。③ 神经-ISC互作：单细胞数据与成像显示，VIP神经元与Lgr5+ ISC邻近，VIP通过其受体VIPR1直接作用于ISC。④ 稳态抑制功能：体内消融或沉默VIP神经元、特异性敲除上皮或ISC的Vipr1，均增加ISC数量与增殖，体外实验证实VIP依赖VIPR1抑制类器官形成。⑤ 分子机制与病理：结肠炎中扩增的VIP神经元通过激活ISC内ERK1/2信号诱导拮抗剂Notum表达，从而阻断Wnt/β-catenin通路加剧黏膜损伤。⑥ 干预与临床验证：炎症性肠病患者结肠VIP显著升高，靶向阻断上皮VIPR1释放该神经“刹车”可恢复小鼠早期再生并缓解结肠炎。
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VIPR1 acts as an enteric neural checkpoint that suppresses intestinal stem cell-driven epithelial regeneration and exacerbates colitis
2026-02-23 , doi: 10.1016/j.stem.2026.01.009
中南大学余正团队Nature子刊：肠菌代偿产氨唤醒神经，拯救肠蠕动障碍Nature Microbiology——[19.4]
① 背景与设计：为解析菌群调节肠道蠕动的机制，结合小鼠动力障碍模型、患者队列及多组学技术，探究微生物氮代谢对肠神经系统功能的影响。② 核心发现：肠神经元乙酰胆碱（ACh）的缺乏会驱动肠道脲酶阳性菌代偿性产氨，后者通过上调电压门控钙通道Cav2.1增强Ca2+内流，从而促进ACh释放以恢复肠道动力。③ 微生物代偿响应：ACh缺乏伴随肠道氨水平及脲酶活性升高；宏基因组学与菌株分离鉴定出关键脲酶阳性菌——纺锤形赖氨酸芽胞杆菌（Lysinibacillus fusiformis），其移植或表达脲酶的工程菌可恢复模型鼠结肠ACh并改善动力，该效应依赖脲酶活性。④ 氨的安全性与机制：生理剂量的氯化铵干预（60 mg kg-1）可安全提升结肠ACh并改善动力，且不引起认知毒性；转录组与分子实验显示，氨上调肠神经元Cav2.1通道表达，以驱动Ca2+内流。⑤ 关键效应器验证：Cav2.1抑制剂加巴喷丁阻断氨对ACh的促进作用，而其激动剂GV-58则能模拟氨的效果，证实Cav2.1是氨调节肠神经信号传导的核心分子靶点。
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Gut microbial ammonia enhances colonic acetylcholine levels to regulate intestinal motility
2026-02-20 , doi: 10.1038/s41564-026-02269-8
Nature子刊：定量宏基因组学揭示，便秘与药物主导慢性肾病肠道菌群改变Nature Microbiology——[19.4]
① 背景与设计：针对慢性肾病（CKD）肠道菌群关联不一致的问题，本研究结合定量粪便宏基因组学（n=130）与跨队列数据（n=4420），分析菌群与估算肾小球滤过率（eGFR）及4年疾病进展的关联。② 核心发现：CKD患者的肠道菌群改变主要由肠道转运时间延长、药物使用和饮食模式驱动，而非肾功能下降的直接后果，且菌群特征无法预测疾病进展。③ 关键宿主因素：距离冗余分析显示，粪便含水量（代表肠道转运时间）和药物使用是菌群组成变异最强的非冗余解释因素，效应量超越eGFR本身。④ 代谢机制修正：eGFR降低伴随植物/动物源碳水化合物酶比率下降；在校正该饮食替代指标后，菌群合成尿毒素前体（对甲酚/吲哚）潜力与肾功能的关联消失，提示饮食是关键混杂因素。⑤ 特异性标志物：经严格协变量校正，仅大肠杆菌和一个Alistipes物种丰度与eGFR负相关、青春双歧杆菌与之正相关。⑥ 标志物复制性差：既往报道的绝大多数微生物标志物未能通过本研究的定量及协变量校正验证，且在11个独立队列间缺乏一致性。⑦ 无进展关联：纵向数据分析显示，肠道菌群组成结构及功能潜力均无法显著预测慢性肾病4年内的疾病进展。
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Host factors dictate gut microbiome alterations in chronic kidney disease more strongly than kidney function
2026-02-05 , doi: 10.1038/s41564-026-02259-w
苏州大学汪超/戴华星等Nature子刊：口服纳米酵母颗粒促肠道树突细胞迁移，提升老龄群体疫苗效力Nature Aging——[19.4]
① 背景与设计：为探究老龄个体疫苗应答减弱的机制，本研究比较了年轻与老龄小鼠接种SARS-CoV-2 RBD疫苗后的免疫应答，并利用单细胞测序、光转换示踪及口服酵母纳米颗粒进行干预分析。② 核心发现：老龄小鼠淋巴结迁移性常规树突状细胞2型显著缺失是其疫苗应答减弱的关键；口服酵母纳米颗粒可通过促进肠道树突状细胞迁移至淋巴结，有效改善老龄动物的疫苗效力。③ 老龄免疫缺陷特征：疫苗接种后，老龄小鼠血清抗体滴度、中和活性及抗原特异性T细胞应答均显著减弱；单细胞测序揭示其引流淋巴结中迁移性cDC2数量与比例显著下降，且功能相关基因表达下调。④ 口服干预效果：口服酵母纳米颗粒显著增强了老龄小鼠的疫苗诱导抗体反应、生发中心B细胞、滤泡辅助性T细胞及抗原特异性CD4+/CD8+ T细胞应答。⑤ 迁移机制解析：该纳米颗粒被老龄肠道树突状细胞有效摄取，并显著上调其趋化因子受体CCR7的表达；利用Kaede光转换模型证实，干预后肠道来源的树突状细胞可迁移至肠外引流淋巴结。⑥ 肠道DC的关键作用：特异性耗竭肠道树突状细胞完全消除了酵母纳米颗粒对疫苗应答的增强效果，证实其作用依赖于肠道来源的树突状细胞向次级淋巴器官的迁移。
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Attenuating age-related decline in dendritic cell migration improves vaccine efficacy via gut-immune crosstalk
2026-02-23 , doi: 10.1038/s43587-026-01068-4
中山大学鞠怀强/王金虹等Nature子刊：大肠癌如何利用瘤旁"肥肉"躲避免疫追杀Nature Cell Biology——[19.1]
① 背景与设计：为探究肿瘤旁内脏脂肪组织（tVAT）在结直肠癌免疫逃逸中的作用，整合患者单细胞转录组与小鼠模型，解析肿瘤免疫空间微环境。② 核心发现：肿瘤诱导tVAT发生脂肪-间充质转化并构建“免疫细胞库”，通过CXCL12-CXCR4趋化轴“截留”抗肿瘤效应T细胞，从而促进免疫逃逸，为增强免疫疗法提供了新的干预靶点。③ 免疫景观：单细胞分析显示，tVAT富集免疫细胞，特别是肿瘤反应性CD8+ T细胞，并存在三级淋巴结构。④ 功能竞争：小鼠模型中移除tVAT可增加肿瘤内CD8+ T细胞浸润并抑制肿瘤生长，提示tVAT作为“免疫细胞库”与肿瘤竞争免疫细胞招募。⑤ 细胞机制：肿瘤来源的TGF-β1诱导脂肪基质细胞分化为脂肪源性癌症相关成纤维细胞（adCAF），后者持续高分泌CXCL12以活化CXCR4趋化轴。⑥ 干预验证：清除adCAF或使用CXCL12中和抗体/CXCR4拮抗剂（AMD3100），可驱动效应T细胞向肿瘤核心区重分布，并强效协同抗PD-1免疫疗法。⑦ 临床意义：接受新辅助免疫治疗的CRC患者队列中，tVAT面积与免疫治疗完全缓解率显著负相关，提示其可作为疗效预测生物标志物。
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Peritumoural adipose tissue drives immune evasion in colorectal cancer via adipose-mesenchymal transformation
2026-02-19 , doi: 10.1038/s41556-026-01885-0
中山六院左涛/温炜杰等Cell子刊：病毒组E2肠型噬菌体"绑架"细菌代谢打压好菌，加剧克罗恩病炎症Cell Host and Microbe——[18.7]
① 背景与设计：针对克罗恩病肠道炎症异质性的成因，利用宏基因组测序、病毒组移植及小鼠模型等手段，解析黏膜病毒组-细菌互作及其对肠道炎症的影响。② 核心发现：人类肠道黏膜存在两种DNA病毒组肠型，其中E2肠型富集特征性溶源噬菌体，通过重塑细菌代谢与种间竞争驱动肠道炎症加剧。③ 病毒组肠型：E2肠型在克罗恩病患者中显著富集且多样性更高，其病毒组移植显著加重DSS小鼠结肠炎表型。④ 跨界互作关联：E2肠型富集Wulfhauvirus属噬菌体，其丰度与宿主菌多形拟杆菌正相关，二者均与Blautia obeum负相关。⑤ 细菌互作与炎症：体内外实验证实，多形拟杆菌抑制B. obeum生长，而后者能逆转多形拟杆菌破坏黏液层、加重小鼠结肠炎的致病效应。⑥ 关键代谢物：E2来源的Wulfhauvirus噬菌体φBTZT001P溶源性感染多形拟杆菌，特异性上调该菌的鞘脂代谢通路（如spt）以增加鞘氨醇分泌，鞘氨醇直接抑制B. obeum生长。⑦ 因果验证：小鼠中，φBTZT001P的引入导致多形拟杆菌扩增、鞘氨醇累积及B. obeum耗竭，驱动严重的肠道炎症，证实噬菌体-细菌-代谢物-肠道轴的调控作用。
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Gut DNA virome enterotype dictates inflammation heterogeneity through tuning the phage-bacteria-sphingosine-intestine axis in Crohn's disease
2026-02-09 , doi: 10.1016/j.chom.2026.01.016
Cell子刊：黏液中的"分子手铐"HMGB1阻断细菌粘附，保护肠屏障Cell Host and Microbe——[18.7]
① 背景与设计：为阐明肠道黏膜防御机制，利用人结肠组织、小鼠、细胞及细菌模型，通过分子互作与功能实验，解析损伤相关分子模式（DAMP）HMGB1蛋白在黏液层中的胞外防御作用。② 核心发现与意义：黏液层HMGB1靶向细菌保守ToH1基序驱动细菌聚集并阻断粘附，揭示了区别于DAMP功能的全新先天免疫机制。③ 释放机制：菌群信号刺激肠上皮细胞向黏液层释放HMGB1，无菌小鼠中HMGB1仅滞留于胞核且无法在黏液中检测到。④ 防御功能：肠上皮敲除Hmgb1的小鼠中，肠道细菌-上皮距离缩短；重组HMGB1处理能诱导细菌聚集，并抑制其对上皮及纤连蛋白的粘附。⑤ 分子机制：HMGB1特异性结合FimH和Asa1等粘附素中的ToH1基序，导致粘附功能失活并迫使细菌下调毒力蛋白表达。⑥ 临床关联：溃疡性结肠炎患者病灶表面HMGB1水平显著降低，伴随FimH+粘附细菌数量增加，且两者呈负相关。
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HMGB1 functions as a critical mediator of host defense at the gut mucosal barrier
2026-02-03 , doi: 10.1016/j.chom.2026.01.008
Cell子刊：万例宏基因组分析，锁定"隐藏"的健康枢纽肠菌Cell Host and Microbe——[18.7]
① 研究背景与设计：针对未培养肠道菌群临床意义不明的问题，整合39国11,115份人肠道宏基因组数据，基于UHGG目录解析了未培养细菌在健康与13种疾病状态下的分布特征。② 核心发现与意义：未培养细菌在健康人群中显著富集，其中CAG-170菌属（颤螺菌科）被鉴定为跨地域、跨疾病的最强健康特征标志物及生态网络核心，并具有独特的维生素B12生物合成潜能。③ 健康关联特征：健康个体中未培养物种的多样性和比例更高；差异分析识别出317个与健康/疾病状态相关的未培养物种，其中CAG-170在多种疾病中耗竭。④ 生态网络核心：在健康人群的全球共丰度网络中，CAG-170多个物种是中心度最高的网络枢纽，提示其在健康微生物群生态互作中处于核心地位。⑤ 纵向动态关联：在IBD纵向队列中，CAG-170呈现高时间稳定性，其丰度及其亚种水平的基因多样性与肠道失调评分呈负相关。⑥ 代谢功能机制：CAG-170基因组富集维生素B12生物合成通路，但缺失精氨酸合成基因，可能通过代谢物介导菌群互养。
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Meta-analysis of the uncultured gut microbiome across 11,115 global metagenomes reveals a candidate signature of health
2026-02-09 , doi: 10.1016/j.chom.2026.01.013
苏州大学周哲敏/陈凯等Cell子刊：菌株异质性决定粪菌移植疗效Cell Host and Microbe——[18.7]
① 研究背景与设计：针对非小细胞肺癌对免疫治疗响应率低的问题，在PD-L1阴性患者中开展粪菌移植（FMT）联合PD-1阻断单臂试验 ，并开发ucgMLST框架对多队列逾2000个宏基因组进行菌株水平分析。② 核心发现与意义：菌株水平的遗传异质性与定植动力学决定FMT疗效，超越了物种分类学的解释力，为精准微生物疗法提供了菌株-功能-疗效新范式。③ 临床试验结果：FMT联合治疗实现60%的疾病控制率，并显著改善无进展生存。④ 定植动力学解析：基于480个超保守单拷贝基因的ucgMLST菌株追踪体系，证实高供体菌株定植率结合低自体菌株残留率的替换模式驱动临床获益。⑤ 生态策略驱动：定植潜能由物种固有的生态策略驱动，高定植物种显著富集厌氧生存与黏膜适应基因，而低定植者具有依赖快速摄糖及运动性的机会主义特征。⑥ 菌株功能异质性：同物种内存在与健康或疾病状态相关的功能对立的菌株分支，富集芳香族氨基酸合成等途径的健康菌株的成功定植与临床改善同步。⑦ 临床预测与转化：开发的健康菌株评分体系在不同疾病队列中有效预测治疗反应（AUC为0.60-0.97），并据此筛选出38个具有高定植潜力及明确功能异质性的优先候选物种。
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Strain-level genetic heterogeneity and colonization dynamics drive microbiome therapeutic efficacy
2026-02-25 , doi: 10.1016/j.chom.2026.02.002
南京大学李维勤团队Cell子刊：肠道病毒组如何调控肠道碳水化合物的消化与吸收？Cell Host and Microbe——[18.7]
① 背景与设计：为探究肠道病毒组是否自主调控宿主代谢，、通过抗病毒药物处理、病毒组移植及免疫操作，在小鼠模型中系统评估其对小肠碳水化合物消化吸收（CD&A）的因果作用。② 核心发现：肠以噬菌体为主的肠道病毒组是CD&A的自主调节器，其调节方向（抑制或刺激）取决于抗原提呈细胞（APC）-T细胞免疫监视，揭示了病毒组-免疫-上皮轴在代谢调控中的新范式。③ 病毒组的功能效应：药物清除病毒组显著损害口服糖耐量并上调CD&A基因，而移植病毒样颗粒或噬菌体则改善代谢表型并下调CD&A，此效应呈剂量依赖且独立于菌群。④ 免疫上皮双向交互：病毒核酸能直接刺激小肠上皮细胞上调CD&A；而完整的病毒衣壳被黏液层依赖的APC捕获后，招募Th17细胞并促进其分泌IL-22以拮抗该刺激，抑制CD&A。⑤ 免疫监视决定稳态：在免疫健全小鼠中，病毒组通过激活免疫信号抑制CD&A，而在缺乏T细胞（Rag2-/-）的小鼠中，病毒核酸则直接驱动CD&A基因上调，表明免疫监视决定了调节效应的方向。
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Commensal enteric virome regulates intestinal carbohydrate digestion and absorption
2026-02-23 , doi: 10.1016/j.chom.2026.01.019
中山一院匡铭团队Cell子刊：从肠入肝的瘤内菌结合并"劫持"膜蛋白，加速肝癌进展Cell Host and Microbe——[18.7]
① 研究背景与设计：结合患者队列分析（n=131）、小鼠模型及分子互作技术，探究肠道菌群驱动肝细胞癌（HCC）进展的机制。② 核心发现与意义：Enterocloster bolteae通过其表面蛋白PbpT特异性结合肿瘤细胞表面具有抑癌功能的桥粒芯蛋白1（DSG1），激活下游致癌性MAPK通路，靶向该轴可抑制HCC。③ 促癌菌鉴定：E. bolteae在HCC患者粪便及肿瘤中富集且与不良预后相关；小鼠中，该菌可破坏肠道屏障，经门静脉易位至肝脏，加速多种病因（DEN、HBV、MASH）诱导的HCC进展。④ 关键毒力因子：E. bolteae通过直接接触而非分泌代谢物促癌，其膜蛋白PbpT是关键促癌因子，其粪便水平可作为不良预后的生物标志物。⑤ 促癌分子机制：PbpT以极高亲和力直接结合肿瘤细胞受体DSG1，不仅促进细菌黏附，还抑制并逆转了DSG1固有的抑癌功能，导致EGFR高磷酸化并激活下游MAPK级联反应，促肿瘤增殖。⑥ 治疗潜力：抗PbpT的中和抗体可阻断E. bolteae对肿瘤的粘附与促癌作用，在小鼠模型中显著抑制肿瘤生长。
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Intratumoral bacterium Enterocloster bolteae promotes hepatocellular carcinoma progression by directly binding tumor cells
2026-02-24 , doi: 10.1016/j.chom.2026.01.020
珠江医院何彦/沈薇等Cell子刊：抗生素拨慢菌群发育钟，DL-内肽酶缺失成早产儿败血症关键Cell Host and Microbe——[18.7]
① 背景与设计：为阐明抗生素增加早产儿晚发型败血症（LOS）风险的机制，整合多国队列分析肠道菌群发育，并结合动物模型与初步临床试验。② 核心发现与意义：肠道菌群成熟迟缓部分介导了抗生素相关LOS风险，细菌DL-内肽酶缺乏是核心特征，补充产该酶的益生菌可激活NOD2通路并抑制炎症，为预防LOS提供干预策略。③ 菌群发育与风险：分析4,938样本建立菌群年龄模型，菌群发育速率具个体差异，成熟迟缓与LOS风险增加相关，中介了36.0%的抗生素相关LOS风险。④ 关键功能缺陷：菌群发育迟缓及LOS婴儿的粪便中细菌DL-内肽酶（主要源于屎肠球菌）显著耗竭，其降解产物胞壁酰二肽（MDP）浓度及NOD2激活能力均降低。⑤ 益生菌保护作用：在抗生素处理的新生小鼠LOS模型中，补充产DL-内肽酶的屎肠球菌或罗伊氏粘液乳杆菌DSM17938通过激活NOD2显著改善生存并减轻炎症。⑥ 免疫调控机制：MDP激活NOD2诱导去泛素化酶CYLD表达，促进巨噬细胞分化并抑制其由NF-κB介导的促炎M1表型极化。⑦ 临床初步验证：初步随机对照试验表明，补充罗伊氏粘液乳杆菌DSM17938可增强早产儿粪便的NOD2激活能力。
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Gut microbiota immaturity with DL-endopeptidase deficiency links antibiotic use to preterm late-onset sepsis
2026-02-27 , doi: 10.1016/j.chom.2026.02.004
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